分公司是不可能有独立法人地位的，但可以独立核算财务，所有收支单独记帐，单独在当地报税，总公司期末汇总分公司报表。
总公司收取分公司的管理费：由公司懂事会会议或公司章程来确定。总公司收不收取管理费用仅是你们公司内部的利润分配计算方式，因所得税要汇总计算，不会对整个公司所得税产生影响。
总公司收取管理费用的分录建议做管理费用的内部冲销，或者挂其他应收应付等往来科目，总公司最好不要确定收入，否则又要多交一道流转税。
“总公司+分公司（财务独立核算）+项目部”管理体制的财税管理体系
在“总公司+分公司（财务独立核算）+项目部”管理体制下，由于分公司财务上是独立核算的单位，也是增值税纳税义务人，企业所得税实行总公司预分配给分公司在分公司所在地进行预缴，每年年终在总公司所在地进行企业所得税汇算清缴。因此，分公司必须有自己的业务合同章，但没有法人公章。在业务开展期间，分公司和总公司的公章和合同管理如下：
第一，与发包方签订建筑总承包合同的主体是总公司，分公司因没有建筑资质而没有资格对外与发包方签订建筑总承包合同。因此，总公司中标，分公司施工的建筑总承包合同，必须盖总公司的法人公章。
第二，在总公司授权下，总公司可以对外与材料供应商、机械设备租赁出租方，劳务分包方签订合同，但是合同的民事责任必须由总公司承担，这些进项合同上必须盖分公司的合同业务章。
第三，总公司、分公司和发包方签订三方施工补充协议。
协议中必须明确：分公司全权代表总公司与发包方处理工程施工中的各项事项；发包方将工程款直接支付给分公司银行账户；发包方接受分公司开具建筑服务业的增值税发票。
“总公司+分公司（财务独立核算）+项目部”的管理体制与增值税抵扣规定相冲突
在“总公司+分公司（财务独立核算）+项目部”的管理体制下，由于总公司跟发包方签订工程总承包合同，虽然工程是分公司负责施工的，但是发包方一般而言只认可总公司，不认可分公司，在工程结算和支付工程款问题上，发包包方一般只会将工程款支付给总公司，必然向总公司索取增值税发票，而不会将工程款支付给分公司，向分公司索取增值税发票。而分公司又是当地政府要求外来施工企业来本第地中标施工项目的必备条件，为了将增值税留在本地，分公司必须财务独立核算。有鉴于此，分公司必须在总公司授权权下，对外与有关材料供应商、机械设备出租方和建筑劳务分包商分别签订合同，所有的成本发票（增值税进项税额抵扣的增值税专用发票）必须开给分公司，结果出现增值税进项发票上的抬头是分公司的名字，而发包方又因总公司与其签订的总承包合同而要求总公司开具增值税发票，结果出现了增值税销项税发票的抬头是总公司的名字。
根据增值税抵扣制度的规定，要实现抵扣增值税进项税，必须要求增值税销项税专用发票（收入票）与增值税进项税专用发票（成本票）上抬头的名字是同一家公司的名字。因此，增值税销项税专用发票（收入票）抬头是总公司名字，增值税进项税专用发票（成本票）上抬头是分公司的名字，作为增值税独立纳税人的分公司不能实现抵扣增值税进项税额。
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